ExcelVBA
Sub Sample()
    Dim BookObj     As Workbook
    Dim FilePath    As String
    
    'ファイルパス作成
    FilePath = ThisWorkbook.Path & "\sample.xlsx"
    
    'ブックを開く
    Set BookObj = Workbooks.Open(FilePath)
    
    '上書き保存
    BookObj.Save
    
    '閉じる
    BookObj.Close
    
    Set BookObj = Nothing
End Sub
Excel(COM)
using Excel = Microsoft.Office.Interop.Excel;
using System.Runtime.InteropServices;
using System.Reflection;
using System.IO;
using System;
using System.Data;
using Microsoft.Office.Interop.Excel;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleExcel
{
    static void Main(string[] args)
    {
        Excel.Application? application = null;
        Excel.Workbooks? workbooks = null;
        Excel.Workbook? workbook = null;
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xlsx");
            // Excelを開く
            application = new Excel.Application();
            application.Visible = true;
            // ブックを開く
            workbooks = application.Workbooks;
            workbook = workbooks.Open(filePath);
            // 上書き保存
            workbook.Save();
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
        finally
        {
            CleanUpComObject(ref workbook);
            CleanUpComObject(ref workbooks);
            CleanUpComObject(ref application);
            // RCW強制解放(残留プロセス対策)
            GC.Collect();
            GC.WaitForPendingFinalizers();
            GC.Collect();
            GC.WaitForPendingFinalizers();
        }
    }
    static void CleanUpComObject<T>(ref T comObject, bool shouldClose = true, bool saveChanges = false)
    {
        // フラグによってWorkbookはClose / ApplicationはQuitする
        if (shouldClose && comObject != null)
        {
            // 型をチェックする
            if (comObject is Microsoft.Office.Interop.Excel.Workbook workbook)
            {
                // Workbookの場合
                workbook.Close(saveChanges);
            }
            else if (comObject is Microsoft.Office.Interop.Excel.Application application)
            {
                // Applicationの場合
                application.Quit();
            }
        }
        // Objectを解放
        if (comObject != null && Marshal.IsComObject(comObject))
        {
            Marshal.ReleaseComObject(comObject);
            comObject = default!;
        }
    }
}
補足:Microsoft.Office.Interop.Excel でオブジェクトの解放について
ClosedXML
ファイルパスでもFileStreamでもSaveで上書きできる
□ファイルパス
using ClosedXML.Excel;
using System;
using System.IO;
using System.Linq;
using System.Reflection;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleClosedXML
{
    static void Main(string[] args)
    {
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xlsx");
            using (var workbook = new XLWorkbook(filePath))
            {
                // 上書き保存
                workbook.Save();
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
    }
}
□FileStream
using ClosedXML.Excel;
using System;
using System.IO;
using System.Reflection;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleClosedXML
{
    static void Main(string[] args)
    {
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xlsx");
            // ブックを開く、読み書きモード、共有なし(排他)
            using (var stream = new FileStream(filePath, FileMode.Open, FileAccess.ReadWrite, FileShare.None))
            using (var workbook = new XLWorkbook(stream))
            {
                // 上書き保存
                workbook.Save();
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
    }
}
EPPlus
□ファイルパス
using OfficeOpenXml;
using System;
using System.IO;
using System.Reflection;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleEPPlus
{
    static void Main(string[] args)
    {
        // Ver8.0のソースです
        // 非商用個人利用の場合 名前を設定
        ExcelPackage.License.SetNonCommercialPersonal("SampleTarou");
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xlsx");
            using (var package = new ExcelPackage(filePath))
            {
                // 上書き保存
                package.Save();
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
    }
}
□FileInfo
using OfficeOpenXml;
using System;
using System.IO;
using System.Reflection;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleEPPlus
{
    static void Main(string[] args)
    {
        // Ver8.0のソースです
        // 非商用個人利用の場合 名前を設定
        ExcelPackage.License.SetNonCommercialPersonal("SampleTarou");
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xlsx");
            var fileInfo = new FileInfo(filePath);
             // 上書き保存
            using (var package = new ExcelPackage(fileInfo))
            {
                package.Save();
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
    }
}
□FileStream
using Microsoft.Extensions.FileProviders;
using OfficeOpenXml;
using System;
using System.IO;
using System.IO.Pipes;
using System.Reflection;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleEPPlus
{
    static void Main(string[] args)
    {
        // Ver8.0のソースです
        // 非商用個人利用の場合 名前を設定
        ExcelPackage.License.SetNonCommercialPersonal("SampleTarou");
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xlsx");
            // メモリにすべて取り込む。これなら遅延でStreamにアクセスするような問題が発生しない
            byte[] fileBytes = File.ReadAllBytes(filePath);
            using( var readStream = new MemoryStream(fileBytes))
            using (var package = new ExcelPackage(readStream))
            {
                package.Workbook.Worksheets[0].Cells["A1"].Value = DateTime.Now.ToString("HH:mm:ss");
                // あらためて書き込み用としてStreamを開く
                using (var writeStream = new FileStream(filePath, FileMode.Create, FileAccess.Write, FileShare.None))
                {
                    // 書き込み
                    package.SaveAs(writeStream);
                }
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
    }
}
ExcelDataReader
読み取りのみのライブラリのためなし
NPOI
□xls
using NPOI.HSSF.UserModel;
using System;
using System.IO;
using System.Reflection;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleNPOI_xls
{
    static void Main(string[] args)
    {
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xls");
            // メモリにすべて取り込む。これなら遅延でStreamにアクセスするような問題が発生しない
            byte[] fileBytes = File.ReadAllBytes(filePath);
            using (var readStream = new MemoryStream(fileBytes))
            using (var workbook = new HSSFWorkbook(readStream))
            {
                // シートを取得
                var worksheet = workbook.GetSheetAt(0);
                var row = worksheet.GetRow(0) ?? worksheet.CreateRow(0);
                var cell = row.GetCell(0) ?? row.CreateCell(0);
                cell.SetCellValue(DateTime.Now.ToString("HH:mm:ss"));
                // あらためて書き込み用としてStreamを開く
                using (var writeStream = new FileStream(filePath, FileMode.Create, FileAccess.Write, FileShare.None))
                {
                    // 書き込み
                    workbook.Write(writeStream);
                }
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
    }
}
□xlsx
using NPOI.XSSF.UserModel;
using System;
using System.IO;
using System.Reflection;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleNPOI_xlsx
{
    static void Main(string[] args)
    {
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xlsx");
            // メモリにすべて取り込む。これなら遅延でStreamにアクセスするような問題が発生しない
            byte[] fileBytes = File.ReadAllBytes(filePath);
            using (var readStream = new MemoryStream(fileBytes))
            using (var workbook = new XSSFWorkbook(readStream))
            {
                // シートを取得
                var worksheet = workbook.GetSheetAt(0);
                var row = worksheet.GetRow(0) ?? worksheet.CreateRow(0);
                var cell = row.GetCell(0) ?? row.CreateCell(0);
                cell.SetCellValue(DateTime.Now.ToString("HH:mm:ss"));
                // あらためて書き込み用としてStreamを開く
                using (var writeStream = new FileStream(filePath, FileMode.Create, FileAccess.Write, FileShare.None))
                {
                    // 書き込み
                    workbook.Write(writeStream);
                }
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
    }
}
□xls/xlsx対応版
Program.cs
using NPOI.XSSF.UserModel;
using System;
using System.IO;
using System.Reflection;
namespace SampleCode; // C#10~
internal class SampleNPOI
{
    static void Main(string[] args)
    {
        try
        {
            // 実行ファイルのあるフォルダパス取得
            var folderPath = Path.GetDirectoryName(Assembly.GetEntryAssembly()?.Location);
            if (folderPath == null) { return; }
            // Excelファイルパスを作成
            var filePath = Path.Combine(folderPath, "sample.xlsx");
            var extension = Path.GetExtension(filePath);
            // メモリにすべて取り込む。これなら遅延でStreamにアクセスするような問題が発生しない
            byte[] fileBytes = File.ReadAllBytes(filePath);
            using (var readStream = new MemoryStream(fileBytes))
            using (var workbook = WorkbookFactory.Create(readStream, extension))
            {
                // シートを取得
                var worksheet = workbook.GetSheetAt(0);
                var row = worksheet.GetRow(0) ?? worksheet.CreateRow(0);
                var cell = row.GetCell(0) ?? row.CreateCell(0);
                cell.SetCellValue(DateTime.Now.ToString("HH:mm:ss"));
                // あらためて書き込み用としてStreamを開く
                using (var writeStream = new FileStream(filePath, FileMode.Create, FileAccess.Write, FileShare.None))
                {
                    // 書き込み
                    workbook.Write(writeStream);
                }
            }
        }
        catch (Exception ex)
        {
            Console.WriteLine(ex.Message);
        }
    }
}
WorkbookFactory.cs
using NPOI.HSSF.UserModel;
using NPOI.SS.UserModel;
using NPOI.XSSF.UserModel;
using System;
using System.IO;
namespace SampleCode
{
    public class WorkbookFactory
    {
        public static IWorkbook Create(Stream stream, string extension)
        {
            extension = extension.ToLower();
            return extension switch
            {
                ".xls" => new HSSFWorkbook(stream),
                ".xlsx" => new XSSFWorkbook(stream),
                _ => throw new NotSupportedException("対象外の拡張子です")
            };
        }
        public static IWorkbook Create(string extension)
        {
            extension = extension.ToLower();
            return extension switch
            {
                ".xls" => new HSSFWorkbook(),
                ".xlsx" => new XSSFWorkbook(),
                _ => throw new NotSupportedException("対象外の拡張子です")
            };
        }
    }
}